随着阿里巴巴的不断壮大，对于阿里巴巴集团的发展，一路上赞美声和骂声同在。因为一直有很多人质疑，阿里巴巴是一家日本企业或者说外资企业。马云回应: 阿里巴巴不是日本企业, 阿里是中国的“国家企业”马云的理由是:
一、的确日本软银集团是阿里巴巴集团的第一大股东不假，但是股份比例只在35%左右。日本软银股权没有达到50%以上。
二、也即拥有阿里巴巴绝对控股权时，阿里巴巴怎么都不能被污蔑为日本人的企业。况且，马云已经通过合伙人制度，将阿里巴巴集团的决策权控制在该公司的合伙人手中。换而言之，尽管日本软银和美国雅虎一起控制着阿里巴巴近60%的股权，但是他们没有决定阿里巴巴走向的能力，只可以享受股份分红等收益。此外，马云早已经将阿里巴巴的命脉支付宝独立出去了，确保蚂蚁金服和外资划清了界限。
但是对于马云的反驳存在诸多逻辑漏洞，现分析如下：
首先，“马云讲日本软银股份比例只有35%”，但是软银是最大的股东，这是不容抹杀的事实。
其次，“马云已经通过合伙人制度，将阿里巴巴集团的决策权控制在该公司的合伙人手中”决策权在自己我国民手中就代表阿里巴巴不是日本企业吗？马云是真正只有仅仅的7%股份，而日本软银和美国雅虎一起控制着60%的股份，可以说马云团队是间接在给日本和美国打工，即使马云有阿里巴巴的决策权也抹杀不了60%的分红都给了外资的事实。
最后，马云说阿里巴巴不是日本企业, 阿里是中国的“国家企业”，这里犯了偷换概念的错误，阿里巴巴是国企吗？不是，他是私营股份制企业并非什么国家企业，虽然阿里巴巴从员工的国籍分布、总部所在地，以及纳税所在地等实实在在的指标来看，阿里巴巴也实打实的是中国企业，也只能说阿里巴巴工作的人大部分都是中国人，否认不了最大的电商企业阿里巴巴的收益被外资拿走了60%。
综上所述，马云讲的阿里是中国的“国家企业”的说法是站不住脚的，他只是当时阿里巴巴还不是很强盛的时候，碰到了孙正义这个日本人给了一个非常吸引他的估值，马云当时已经被几千万美元的现金所吸引，他是个商人，哪里顾得上什么民族大义？以至于现在马云把阿里巴巴扯上“国家企业”是其自圆其说的一个方式而已，但是马云有一点值得表扬就是马云乐善好施，至今已经累计捐款百亿元。